Dalam menerapkan system pembelajaran SMP Islam Al-Azhar 3 sudah menggunakan Kurikulum Diknas tahun 2006 Yaitu Kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan di setiap jenjangnya ditambah dengan kurikulum Al-Azhar, yaitu pendidikan Agama Islam (3 Jam Pelajaran ), Al Quran (2 Jam Pelajaran), Bahasa Arab (2 Jam Pelajaran) dilengkapi dengan layanan lainya seperti :
- Program pelayanan Kurikulum kelas reguler dan kelas bilingual
- Remedial, untuk siswa yang mengalami hambatan belajar
- Enrichment / Pengayaan, untuk siswa yang memiliki kemapuan diatas rata-rata
- Intensif / Pendalaman Materi, untuk seluruh siswa agar lebih siap dalam menghadapi kenaikan kelas dan Ujian Nasional
- Studi Wisata dan Karya Wisata
- Kunjungan ke Kedubes dan mendatangkan Guest Teacher (Native Speaker)
